珍珠的瑕疵和珍珠層有著很深的關係。因為傷痕是在海裡留下的，所以如果縮短養殖期的話，很有可能會出現傷痕較少的珍珠。但是，因為珍珠層變薄了，也有可能遺失了光澤。

 兩個洞的情况下，除去損傷過多的珠子，會選擇一定程度的瑕疵，重視其光澤會顯得成品更美。
 光澤好的珠子，因為能直接看見核心，所以有不容易突出傷痕的特性。 當然，也不是沒有無損的珍珠。 
無傷且光澤好的珍珠極少，大部分都被加工成戒指。